ESM — Protein Language Models
Travailler avec les modèles de protéines ESM3 et ESMC — génération de séquences, prédiction de structure, embeddings, inférence Forge/Biohub
- Quoi
- Travailler avec les modèles de protéines ESM3 et ESMC — génération de séquences, prédiction de structure, embeddings, inférence Forge/Biohub
- Coût
- Gratuit
- Prérequis
- pour l'usage local — un GPU CUDA, Python >= 3.12 et de l'espace disque pour les poids des modèles. Pour l'inférence hébergée — une clé ESM_API_KEY depuis la console développeur Forge/Biohub (possiblement un compte payant ; vérifiez les conditions actuelles).
- Installation
- Copiez le prompt d’installation ci-dessous dans votre Muse — votre agent fait le reste.
Sélectionné par Skill Harbor — un skill pratique pour les modèles de langage de protéines ESM d'EvolutionaryScale : design génératif de protéines avec ESM3 (pistes séquence, structure et fonction), inverse folding, embeddings de protéines avec ESMC pour classification et similarité, raffinement de design en chaîne de pensée, traitement par lots via l'API hébergée Forge/Biohub, plus un guide de choix de modèle (esm3-open en local, medium/large hébergés pour la qualité) et des consignes d'usage responsable (Responsible Biodesign Framework, biosécurité avant validation en laboratoire). Le skill fait partie de la bibliothèque « Scientific Agent Skills » avec un article arXiv compagnon et demande une citation quand il contribue à un manuscrit. Découvert via skills.sh, listé ici avec crédit à son créateur par @k-dense (K-Dense Inc.). Bémols honnêtes : outillage de niveau recherche — l'usage local exige un GPU CUDA, Python 3.12 et de lourds téléchargements de modèles ; l'inférence hébergée Forge/Biohub nécessite une clé API et possiblement un compte payant — vérifiez les conditions actuelles ; un skill ESM quasi-dupliqué plus ancien (v1.1) existe chez un autre auteur et a été volontairement écarté — ceci est la v1.2 plus récente. Skill Harbor ne vérifie jamais le code, examinez-le vous-même avant usage. Non vérifié.
Version :
Installation
Prérequis : pour l'usage local — un GPU CUDA, Python >= 3.12 et de l'espace disque pour les poids des modèles. Pour l'inférence hébergée — une clé ESM_API_KEY depuis la console développeur Forge/Biohub (possiblement un compte payant ; vérifiez les conditions actuelles). Installe-moi « ESM — Modèles de langage pour protéines ». Un skill pratique pour les modèles de protéines ESM d'EvolutionaryScale : design génératif ESM3, embeddings ESMC, prédiction de structure et inverse folding, inférence hébergée Forge/Biohub, guide de choix de modèle et consignes d'usage responsable. Dépôt : https://github.com/k-dense-ai/scientific-agent-skills/blob/main/skills/esm/SKILL.md 1. Récupère le fichier SKILL.md du skill esm (et ses fichiers de référence) depuis le chemin du dépôt dans un dossier temporaire et résume en une ou deux phrases ce qu'il fait. 2. Contrôle de sécurité : examine le SKILL.md et les scripts pour tout contenu suspect (appels réseau inattendus, commandes shell, récolte d'identifiants). Ce dépôt ne doit contenir aucun secret dans le code ; les identifiants passent uniquement par le coffre sécurisé, les hôtes autorisés sont déclarés dans le SKILL.md. Vérifie que c'est bien le cas ; STOP sur le moindre signal d'alerte et préviens-moi. 3. Installe-le comme skill : copie le SKILL.md et ses fichiers auxiliaires dans le répertoire des skills de l'agent, dans un dossier nommé « esm ». 4. Vérifie sans appels réseau : frontmatter valide, fichiers en place. 5. Indique ce qui a été installé, où, et ce qu'il me reste à faire moi-même (ex. enregistrer ESM_API_KEY dans le coffre pour l'inférence hébergée, ou télécharger les poids ouverts pour l'usage local). GitHub est optionnel : si j'ai un compte GitHub ou le CLI gh, tu peux l'utiliser ; sinon, l'accès public suffit. Règles : ne touche à rien en dehors du dossier temporaire et de la cible d'installation. Si quelque chose semble anormal, arrête-toi et demande-moi.
Questions
Comment installer une création ?
Chaque fiche produit contient un prompt d’installation à copier-coller. Collez-le dans votre Muse et il installe la création pour vous — sans configuration manuelle.
Où va mon argent ?
Directement au vendeur. Skill Harbor ne traite jamais les paiements : le paiement se fait sur la page du vendeur, généralement via Stripe.
Que signifie le ✓ à côté du nom d’un créateur ?
Il signifie que nous avons confirmé l’identité de la personne derrière la fiche. Il ne dit rien sur le code lui-même — vérifiez toujours une création avant de l’installer.